ناروتو شیپودن ادامه مجموعه تلویزیونی انیمیشن اصلی ناروتو است. داستان حول یک ناروتو اوزوماکی مسن تر و کمی بالغ تر و تلاش او برای نجات دوستش اوچیها ساسوکه از چنگال شینوبی مار مانند، اوروچیمارو می چرخد. پس از 2 و یک نیم سال ناروتو سرانجام به دهکده خود کونوها باز می گردد و قصد دارد جاه طلبی خود را به کار ببندد، اگرچه این کار آسانی نخواهد بود، زیرا او چند دشمن (خطرناک تر) مانند سازمان شینوبی، آکاتسوکی، جمع کرده است.
قسمت های فیلر انیمه ناروتو شیپودن:
57-71, 91-112, 144-151, 170-171, 176-196, 223-242, 257-260, 271, 279-281, 284-295, 303-320, 347-361, 376-377, 388-390, 394-413, 416-417, 422-423, 427-450, 464-468, 480-483